菌肥是含有大量有益微生物并以這些微生物的生物化學(xué)作用來(lái)改善作物營(yíng)養(yǎng)和生長(zhǎng)條件為主要功效的肥料。有益微生物主要有根瘤菌（生物固氮）、解磷菌（活化土壤中難溶性磷）、解鉀菌又名硅酸鹽細(xì)菌（分解、釋放土壤中的礦物鉀）、抗生菌，如“5406”（能抑制或殺滅有害真菌和細(xì)菌、刺激作物生長(zhǎng)和活化土壤難溶磷）和酵素菌（促進(jìn)有機(jī)物轉(zhuǎn)化）等。菌肥的實(shí)際肥效往往還與其中維持微生物生命活動(dòng)的基質(zhì)有關(guān)。
生物肥料作為農(nóng)資產(chǎn)品，必須在活菌數(shù)、雜菌率、有效期等方面達(dá)到一定的質(zhì)量要求（NY227—94）。除了農(nóng)用微生物菌劑外，還有以此為基礎(chǔ)的復(fù)合微生物肥料和生物有機(jī)肥。復(fù)合微生物肥料是指特定農(nóng)用微生物與營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)復(fù)合而成，能提供、保持或改善植物營(yíng)養(yǎng)，提高農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)量或質(zhì)量的活體微生物制品。按NG/T798—2004的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，液體、粉劑、顆粒等不同劑型產(chǎn)品的總養(yǎng)分（N+P2O5+K2O）含量分別不得低于4%、6%和6%，但化肥含量也不是越高越好，過(guò)高將抑制微生物活性。生物有機(jī)肥是指特定農(nóng)用微生物與動(dòng)植物廢棄物經(jīng)無(wú)害化、腐殖化處理得到的有機(jī)物料復(fù)合而成的肥料，它兼有微生物肥料和有機(jī)肥料的特點(diǎn)，按NY884—2004的技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)，肥料的有機(jī)質(zhì)含量不得低于25%。
微生物肥料可以作基肥、追肥，可溝施或穴施，也可用來(lái)拌種、浸種、蘸根或葉面噴施，具體因菌肥類型而異。
農(nóng)用菌劑畝用2公斤固態(tài)菌劑與40～60公斤腐熟有機(jī)肥混合均勻后作基肥、追肥或育苗；將固態(tài)菌劑與營(yíng)養(yǎng)土摻勻制作營(yíng)養(yǎng)缽，或與稀泥漿混拌，在苗木移栽前蘸根；播前將種子浸入10～20倍菌劑稀釋液或用稀釋液噴施，使種子與液態(tài)生物菌劑充分接觸后再播種；幼苗移栽前將根系浸入稀釋10～20倍的液態(tài)菌劑中，立即取出，或用上述稀釋液噴施幼苗根系；將菌劑稀釋100倍后用于灌根或沖施；將菌劑稀釋500倍作葉面肥。
復(fù)合微生物肥可作基肥和追肥，畝施用量10～20公斤；稀釋500倍作葉面肥，按產(chǎn)品說(shuō)明書(shū)要求噴施。
生物有機(jī)肥可作基肥和追肥，作基肥時(shí)畝施用量約100公斤，最好配施適量農(nóng)家肥；作追肥用量適當(dāng)減少，較化肥提前7～10天施入，且應(yīng)配施適量化肥。
此外，當(dāng)土壤氮磷鉀養(yǎng)分含量較高或大量施用氮磷鉀化肥時(shí)，根瘤菌、解磷菌、解鉀菌肥的效果下降，甚至受到抑制，例如氮肥施用過(guò)量就會(huì)抑制根瘤菌的活動(dòng)，降低根瘤的固氮作用。此外注意，菌肥中的有益微生物是有生命的，因此在貯存時(shí)不能與農(nóng)藥、化肥和過(guò)酸、過(guò)堿物質(zhì)混放，不要與大量化肥或酸堿性化肥混施，土壤過(guò)酸、過(guò)堿或干旱都影響菌肥效應(yīng)發(fā)揮
